Ovários
Uma das doenças ligadas aos ovários é a Síndrome dos Ovários Policísticos, onde a mulher tem sangramento uterino irregular, normalmente a cada 2 ou 3 meses, outros sintomas são aumento de pelos ou queda de cabelo, podem também apresentar obesidade e dificuldade em absorver hidratos de carbono.

A Hiperprolactinemia (secreção excessiva de prolactina) causa alteração nos mecanismos de controle dos ovários e leva a falhas no ciclo menstrual, essas falhas podem gerar a falta de ciclo menstrual e de ovulação. Essas alterações também podem ser produzidas por doenças que afetam a tireóide.

Na Insuficiência Ovariana Prematura (menopausa precoce), a ovulação é cessada pelos ovários não maturarem os óvulos. Nesse caso ocorre a ausência de ciclo menstrual e sintomas parecidos com os da menopausa.
Além dessas doenças a redução de óvulos também é causada pela idade da mulher. Conforme o envelhecimento a produção de óvulos diminui e a qualidade dos mesmos também. Esse processo normalmente tem início aos 37 anos.

Tubas
A endometriose e as infecções pélvicas são as principais causas da obstrução tubária, que por sua vez impede a captação e transporte do óvulo, de forma que não é possível haver fertilização.
Na maioria dos casos as infecções pélvicas são assintomáticas, elas são causadas por microorganismos que podem migrar da vagina para o útero e tubas. A cura dessas infecções promovem um cicatrização que altera o funcionamentos das tubas, logo quanto mais infecções ocorrerem maiores as chances de haver o comprometimento das tubas.

A endometriose ocorre quando partes do endométrio penetram as tubas e geram uma inflamação que altera a função das tubas. Em alguns casos a endometriose pode se estender aos ovários. Os principais sintomas da doença são dores durante as relações sexuais e fortes cólicas menstruais.

Fertilização
A fertilização ocorre por meio de um processo que envolve os cromossomos do espermatozóide e do óvulo, porém se houver algum defeito nos cromossomos ou nas estruturas que regulam a fusão dos gametas a fertilização não ocorrerá. A dificuldade para a fertilização aumentam com a idade da mulher, fatores como exposição a radiação, raio X e medicamentos tóxicos também podem dificultar ou impedir a fertilização.

Implantação do Embrião
A implantação é a penetração do embrião na camada que reveste a cavidade uterina, chamada endométrio, esse revestimento é preparado para receber o embrião formado após a ovulação e fertilização. Falhas hormonais podem produzir um endométrio inadequado para a implantação. As condições que reduzem a probabilidade de implantação são o desenvolvimento inadequado do endométrio, as infecções endometriais (endometrites), as sinéquias uterinas, as malformações uterinas e os miomas.